1962. Convive, em Faro, com António Barahona, António Ramos Rosa, Luísa Neto Jorge, Pité e conhece Zélia, natural da Fuzeta, que se tornará na sua segunda esposa. Estala a Crise Estudantil que Zeca segue de perto. Viaja pela Suíça, Alemanha e Suécia integrado num grupo composto por Adriano Correia de Oliveira, Durval Moreirinhas, Esmeralda Amoedo, Jorge Godinho e José Niza. É editado pela Monitor dos E.U.A. o LP “Coimbra Orfeon of Portugal”. Edita o EP “Baladas de Coimbra” com “Menino d’Oiro”.
1963. Forma-se pela Faculdade de Letras de Coimbra com a tese “Implicações Substancialistas na Filosofia Sartriana”. A 1 de Junho é decretado o divórcio de José Afonso e a primeira esposa Amália. É editado o EP “Baladas de Coimbra” com “Os Vampiros”, que é proibido pela censura.
1964. Em Maio actua na Sociedade Musical Fraternidade Operária Grandolense. Desta experiência resultará o celebrado tema “Grândola, Vila Morena”. Parte novamente para Moçambique com Zélia e junta-se aos filhos que vivem com os avós. É editado o EP “Cantares de José Afonso”.
1965. Nasce a sua filha Joana
1966. É editado pela “Nova Realidade” o livro “Cantares José Afonso” com prefácio de Manuel Simões. Lecciona no Liceu da Beira, desenvolve actividades anti-colonialistas e começa a ter problemas com a PIDE. Escreve a música para a peça “A Excepção e a Regra” de Berthold Brecht.
1967. Regressa a Portugal e lecciona em Setúbal. José Manuel, o filho mais velho, continua em Moçambique, confiado aos avós. Tem uma crise de saúde e fica internado durante 20 dias na Casa de Saúde de Belas. É convidado a aderir ao PCP mas recusa a proposta invocando a sua condição de classe. 2ª edição do livro "Cantares José Afonso" com prefácio de Manuel Simões e recitativos de Rui Mendes. Assina contrato com a Orfeu, do qual resulta o recebimento de uma mensalidade de15 contos, contra a obrigatoriedade de gravação de um álbum por ano. Edita o LP “Baladas e Canções”.
1968. Entra em contacto com a LUAR (Liga Unitária de Acção Revolucionária) e o PCP, o que dá azo várias detenções pela PIDE. É expulso do ensino por motivos explicitamente políticos. Passa a viver de explicações e da venda dos discos. Canta cada vez com mais assiduidade nas colectividades populares. Edita o LP “Cantares do Andarilho”.
1969. Nasce o Pedro, o quarto e último filho. Participa activamente no movimento sindical. e nas acções dos estudantes de Coimbra. Em Paris participa no 1º Encontro da "Chanson Portugaise de Combat". Recebe o Prémio da Casa da Imprensa para Melhor Disco do Ano ("Cantares do Andarilho"). É publicado o livro “Cantares José Afonso” pela Associação de Estudantes do Instituto Superior Técnico, com Prefácio de Flávio Henrique Vara e que inclui 14 fotografias do moçambicano Ricardo Rangel, um texto de António Quadros (manuscrito por José Afonso) e a “Autobiografia” datada (1967) da Beira. É editado o Single “Menina dos Olhos Tristes” e o LP “Contos Velhos Rumos Novos”
1970. Edita o LP “Traz Outro Amigo Também”. Rui Pato não participa na gravação, nos Estúdios Pye em Londres, por ter estar proibido, pela PIDE/CGS, de sair do país. Recebe o Prémio da Casa da Imprensa para o Melhor Disco do Ano e o Prémio de Honra pela «alta qualidade da sua obra artística como autor e intérprete e pela decisiva influência que exerce em todo o movimento de renovação da música ligeira portuguesa». Participa no Festival Internacional de Música Popular, em Cuba.
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